Von dem riesigen Franziskanerkloster aus sieht man nur das Refektorium. Im Jahre 1790 wurde das Kloster verstaatlicht. Die Mönche mussten gehen. Alle, die Platz brauchten, drängten sich zusammen. Mitglieder eines radikalen Clubs kamen hierher, um ihre Treffen abzuhalten. Sie trugen einen Namen: „Les Cordeliers". Am 17. Mai 1791 wurde der Club ausgeschlossen. Im Jahr 1792 wurde die Kapelle in ein Krankenhaus für die Verwundeten aus der Eroberung der Tuilerien (10. August 1792) umgewandelt. 1795 wurde der Großteil des Klosters von der Schule für Gesundheit und Medizin übernommen.
Nach seiner Ermordung (13. Juli 1793) wurde der Pariser Abgeordnete und Journalist Marat im Amphitheater neben der (noch existierenden) Medizinischen Fakultät aufgebahrt. Dort fertigte David die Skizze für das berühmte Gemälde Marat Assassiné (1793) an. Die sterblichen Überreste von Marat wurden im Klostergarten begraben, bevor sie Ende 1794 in das Pantheon überführt wurden.
Am 16. Juli 1793 empfing die Kirche der Cordeliers den Leichenbestatter von Marat. Dieser radikale Journalist und Abgeordnete von Paris war damals bei den Revolutionären des Viertels, aber auch bei den Sans-Culottes und Soldaten aus ganz Frankreich sehr beliebt. Die Société des républicaines révolutionnaires war bei der Beerdigung sehr präsent: Marat war für sein Engagement für die Rechte der Frauen bekannt. Drei Tage zuvor war es jedoch eine Frau, die ihn ermordet hat: Diese unbekannte Frau wurde unter dem Namen Charlotte Corday bekannt.