Per Dekret vom 10. Juni 1793 wurde der Garten des Königs zum Naturkundemuseum. Die Revolutionäre waren überzeugt, dass die Wissenschaft dazu beitragen kann, Aberglauben und Manipulation zu bekämpfen: Wissen und Vernunft müssten die Menschheit von ihren Fesseln befreien. Die Wissenschaft muss für die ganze Welt erschlossen und popularisiert werden. Weil es das Gemeinwohl schlechthin ist, war es die Natur, die sie in erster Linie interessierte: Die oberste Aufgabe des Museums ist "die öffentliche Vermittlung von Naturgeschichte". Die größten Wissenschaftler der damaligen Zeit hielten dort öffentliche Vorträge, wie unter anderem Jussieu, Lamarck, GeoffroySaint-Hilaire und Cuvier.
1787 beauftragte Buffon, der berühmte Botaniker und Verwalter des Gartens des Königs, den Architekten Edme Verniquet mit dem Bau eines Amphitheaters für den Botanikunterricht. Im Jahr 1794 wurde das Gebäude von Jacques Molinos umgebaut. Halbkreisförmige Pavillons beherbergten Laboratorien, und auch die Haupthalle wurde vergrößert. Das Gebäude verkörpert somit den Willen der Revolutionäre, die Lehre mit der besten wissenschaftlichen Forschung zu verbinden. In diesem Amphitheater fand im Januar 1795 der Eröffnungskurs der École Normale des Jahres III, der künftigen École Normale Supérieure, statt, die sich heute in der Rue d'Ulm befindet.